Die durch E. granulosus verursachte Erkrankung wird auch als zystische Hydatidose bezeichnet. Die Finnen (Hydatiden) entwickeln sich innerhalb von Zysten, die hauptsächlich in Leber und Lunge zu finden sind. Die Zysten können sehr groß werden und am Ende der Entwicklung hunderte bis tausende Metazestoden enthalten. Das Krankheitsbild, das E. multilocularis verursacht, wird auch alveoläre Hydatidose genannt. Die Hydatiden sind sehr viel kleiner und bilden Konglomerate, so dass eine alveoläre Struktur entsteht, die sich im infizierten Gewebe krebsartig ausbreitet.

Da vom infizierten Menschen keine Eier von Echinococcus ausgeschieden werden, ist die serologische Untersuchung bei der Diagnose einer Echinokokkose von großer Bedeutung. Wegen hoher Kreuzreaktivität ist eine Differenzierung der beiden Spezies auf Basis von Antikörpern im ELISA nicht möglich. Deshalb ist auch die Herkunft des verwendeten Antigens (granulosus oder multilocularis) für die Diagnostik von untergeordneter Bedeutung. Die Höhe der Antikörperbildung gegen Echinococcus ist von der Lokalisation der Zysten und dem Grad ihrer Verkalkung abhängig. Normalerweise induzieren Leberzysten eine höhere Antikörperantwort als Lungenzysten. Kreuzreaktionen bestehen allerdings mit Antikörpern gegen Cysticercus (Taenia solium) und können die Diagnose erschweren. Es wird daher empfohlen, ein positives Ergebnis im ELISA durch weitere Untersuchungen zu bestätigen.